भूजल प्रदूषणास पृष्ठभागावरील पाण्यापेक्षा कमी संवेदनाक्षम आहे कारण माती आणि खडक ज्याद्वारे भूजल वाहते ते बहुतेक जीवाणू बाहेर पडते . तथापि, जीवाणू कधीकधी भूगर्भातील पाण्यामध्ये प्रवेश करतात, कधीकधी धोकादायक उच्च सांद्रतामध्ये.